Salah satu upaya menegakan wilayah bebas korupsi di lingkungan RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo saat ini sudah tersedia whistle blowing system (WBS) yang menunjang pelaporan whistle blowing system, pelaporan gratifikasi, benturan kepentingan, kejadian tidak diharapkan (KTD), dan kejadian nyaris cidera (KNC). Dengan tersedianya fasilitas WBS diharapkan seluruh pegawai RSUD Prof. Dr. Margono Soekarjo dapat ikut berpartisipasi dalam rangka mewujudkan wilayah bebas korupsi dengan melaporakan melalui aplikasi WBS yangd apat diakses di alamat rsmargono.jatengprov.go.id/wbs